قدر معلوم بود كه روستائيان آن حوالى در سختى و آزار به سر مىبرند زيرا خبرهاى رسيده از شميل نشان مىداد كه همهء مردم آنجا سرگرم بستن اثاث و بار و بنهء خود هستند و به قلعهء شميل يا در زير باروهاى آن پناه مىبرند . وضع سيد احمدخان از بد هم بدتر شد ، زيرا طهماسب ميرزا او را فراخوانده بود تا گزارش كارهايش را تقديم دارد . كمترين خطايش اين بود كه طى فرمانى برساخته به نام شاه طهماسب خود را حاكم سراسر جنوب ايران خوانده بود . سيد احمدخان كه مىترسيد غصب حكومت پادشاهى بىپادافراه نخواهد ماند فرمان طهماسب ميرزا را ناديده گرفته و در كرمان ماند شاه طهماسب كه پس از منقاد ساختن ملك محمودخان و مشهد وضع خود را سخت استحكام بخشيده بود به حاكم يزد فرمان داد كه جنگ عليه سيد احمد را آغاز كند . حاكم يزد به سبب نزديك بودن افغانان ترجيح داد كه در يزد بماند اما به پسر خود ميرزا فخرالدين مأموريت داد كه فرمان شاه را اجرا كند . سيد احمدخان كه از نزديك شدن سپاه فخرالدين آگاه شد سپاهى به سركردگى مخلص خان به نبرد او فرستاد در اين جنگ سپاه سيد احمدخان شكستى سخت خورد و گفته مىشد كه نيمى از آنها از دست رفته و باقيماندگان به كرمان گريخته‌اند . ميرزا فخر الدين در سه ميلى كرمان با سپاه ديگرى از سيد احمدخان كه سركرده‌اى ديگر داشت روبرو شد و آن را نيز ناچار به عقب نشينى كرد . پس از اين شكست‌ها سيد احمد بر آن شد كه به تن خود سپاه را رهبرى كرده بر دشمن مهاجم بتازد . در پى نبردى سخت مقاومت او نيز در هم شكست و با اندك ياران خود به شهر بازگشت . او تنها دو روز ديگر در كرمان ماند . در 27 مارس 1727 ميرزا فخر الدين به پيشروى پرداخت سيد احمد و كلانتر كرمان كه او نيز از مؤاخذه شدن در هراس بود به قلعهء شهر پناهنده شدند . پس از محاصرهء كوتاه قلعه ، سيد احمد تسليم و به دربار شاه طهماسب آورده شد . ناظر بيوتاتش شرايط تسليم و انقياد او را ترتيب داده بود . هلندىها چند ماهى از سرنوشت سيد احمد بى خبر ماندند و پنداشتند كه روزگار او به سر آمده است . مدير كمپانى هلند در بندرعباس در وصف او گفت : سيد احمد يكى از بهترين جنگجويان خانه بدوش بود زيرا كه او ( دست كم ) دو بار كوشيد شكم